Domenica 11 settembre 1938: Tazio Nuvolari, al volante della Auto Union D numero 22, vince l’ultimo Gran Premio d’Italia prima della guerra. Dietro il “Mantovano volande”, si piazzano Nino Farina (Alfa Romeo 316) e Rudolf Caracciola / Manfred Brauchitsch (Mercedes W 154). Dopo l’imbarazzante esperienza del 1937 a Livorno, il Gp ritorna a casa propria. Il tracciato varato per il 16° Gp sfrutta ancora il raccordo Florio e la sopraelevata sud, rallentata da una rudimentale chicane.
Il 24 settembre, sul raccordo Florio soltanto, si corre il 5° Gran Premio d’Italia motociclismo. Nella 250 cc vince Emilio Soprani (Benelli); nella 350 cc Ted Mellors (Velocette); nella 500 cc George Meier (Bmw). Il 20 novembre, la Moto Guzzi ritorna a Monza per migliorare tutti i suoi record della primavera: Tenni è un portento e conquista i primati. Durante il mese di febbraio 1939, l’Autodromo testa le nuove vetture di Alfa Romeo, Maserati, Mercedes e Auto Union. Il marchio di Zwicau porta a Monza la Type D per testare Ewald Kluge (Dkw) e lo stesso George Meier (Bmw); la Casa di Stoccarda prova un prototipo W163 (ma con un motore del vecchio tipo 154). Hermann Lang gira in 2’27”2, contro il 2’32”, miglior tempo in prova del Gp d’Italia 1938: Alfred Neubaur annuisce soddisfatto. Purtroppo, “in questo periodo si dovettero lamentare la perdita di Renzo Cantoni e Emilio Villoresi, periti in incidenti di prova, il secondo con un’Alfa 158”.
Durante l’estate, inizia il programma di ricostruzione della pista, da tempo annunciato e molto criticato. Il circuito viene chiuso ad ogni attività: smantellate le due curve sopraelevate, “il progetto vede la costruzione di un pista tipo Avus”.
Il Gp d’Italia 1939 è in calendario per l’11 settembre: ma i lavori di realizzazione sono in ritardo. Per cui, ad agosto, il Raci deve annullare la manifestazione. Nel gennaio del 1940, la nuova tribuna d’onore è quasi pronta ma il circuito rimane chiuso per i lavori in corso. Il 17° Gp d’Italia è messo a calendario per l’8 settembre. In aprile il circuito stradale esterno è completato, ma le rimesse e altri fabbricati di servizio non sono ancora costruiti. Il 10 giugno 1940 l’Italia dichiarava guerra contro Francia e Inghilterra. La Fasi cancella tutte le corse salvo il Gp d’Italia, che viene spostato al 15 agosto e destinato a Pescara, in uno con la Coppa Acerbo: ma il 10 luglio anche questa manifestazione viene abolita.
Durante l’estate il nuovo circuito di Monza viene finalmente completato e si riprendono i test. Nuvolari, Varzi e Guidotti provano l’Alfa Romeo 512 con motore posteriore; la Moto Guzzi collauda il suo nuovo modello da 500 cc. Nonostante la guerra, le prove continuarono all’Autodromo sino al 1942, “quando materiali bellici lo invasero scacciandone i rossi bolidi”.
Il 1° Maggio 1945 si tiene la sfilata della vittoria, durante oltre tre ore, all’autodromo. La pista viene «letteralmente arata dai migliaia di automezzi pesanti e carri armati, componenti la divisione corazzata. In tribuna d’onore e si sono presenti anche parecchi italiani; io sono a pochi metri del Gen. Clark e mi meraviglio parecchio perché non esiste alcun apparato di sicurezza» (Umberto Mariani).
I fabbricati, i box e le tribune appaiono semidistrutti. «Dopo la parata, l’Autodromo viene trasformato in un campo di automezzi residuati di guerra. L’incuria e il maltempo completano la rovina».
L’autodromo sopravvive a se medesimo alla meno peggio. Ai primi del 1948, il presidente dell’Ac Milano, Luigi Bertett, e l’ingegnere Giuseppe Bacciagaluppi, iniziano, «con molta riservatezza, con i Comuni di Milano e di Monza, proprietari del Parco (…), trattative per il completo ripristino dell’Autodromo. A conclusione di tali trattive, ai primi di agosto l’Automobile Club di Milano dà notizia che il 17 ottobre 1948 si svolgerà sul circuito rinnovato il primo Gran Premio dell’Autodromo».
Il 5 ottobre Consalvo Sanesi, collaudatore del Portello, compie alcuni giri di pista. Il 14 iniziano le prove, il 17 la competizione termina col successo del francese Jean Pierre Wimille davanti a Trossi ed appunto Sanesi, tutti rigorosamente su Alfa Romeo.